Der Bund trägt im Rahmen der bewilligten Kredite einen grossen Teil der Kosten der Milchprüfung. Jener Teil der Kosten, der vom Bund nicht übernommen wird, sowie die Verwaltungskosten und die Kosten für die Weiterentwicklung der Milchprüfung sind gemäss Artikel 9 der Milchprüfungsverordnung von den Produzentinnen und Produzenten und Verwerterinnen und Verwertern zu tragen.

Für die Festsetzung der Beitragshöhe ist die Kommission Milchprüfung zuständig. Die TSM ist als Administrationsstelle verantwortlich für das Inkasso der sogenannten Restkosten. Gemäss der geltenden Rechtsgrundlage erfolgt die Rechnungsstellung an die Erstmilchkäufer.